有功能的子宫内膜异位在卵巢组织中有周期性的出血，使卵巢增大而形成囊肿，称为卵巢子富内膜异位囊肿。因囊内液为棕红色粘稠的陈旧血液，很像食用的巧克力糊，故临床上又称之为卵巢巧克力囊肿。其发病机制除经典的经血倒流种植学说及体腔上皮化生学说外，近年来对逆流入腹腔的子宫内膜何以能够种植的研究有新的进展：

　　①腹腔镜技术的进步可进一步发现，子宫内膜异位症患者常有黄素化未破裂卵泡综合征，其表现为月经规律、体温双相、子宫内膜有分泌期变化。但在排卵后腹腔镜检查未见卵巢排卵裂孔，腹腔液中雌、孕激素无升高，从而失去对逆流的子宫内膜的抑制力，致使异位内膜得以种植、存活并呈现周期性增殖、分泌及出血变化。

　　②免疫学观察到患者免疫功能障碍，盆腔内T抑制细胞减少，不能发挥细胞毒作用以抵制内服的种植和发展。内膜最容易种植于卵巢，估计有两个原因，一是从输卵管逆流的子宫内膜细胞首先和卵巢接触，表面不规则的外形易被内膜细胞粘附。二是卵巢活跃的上皮，丰富的血供及甾体激素环境，有利于内膜种植生长。

　　50％以上的卵巢巧克力囊肿为双测性。囊壁厚薄不均，常与周围盆腔组织紧密粘连，从而引起痈经、不孕、月经紊乱。囊肿破裂时尚可出现急腹症。约有1％左右的病变可以发生恶变。

　　由于卵巢内膜异位囊肿对药物治疗的反应不佳，且可以成为盆腔继发种植的来源，故治疗以手术为主。术前、术后辅以内分泌治疗。手术分为保留生育功能的手术．保留卵巢功能的手术以及切除卵巢的手术。

　　(1)保留生育功能的手术：对于年轻有生育要求的患者采取腹腔镜下抽吸囊肿、冲洗或囊肿切除术及剖腹手术，尽可能剥出异位囊肿，松解粘连，保留一侧或双侧正常卵巢组织。术后争取尽早受孕，在复发前受孕的机会比应用药物治疗预防复发后再受孕要大些。

　　(2)保留卵巢功能的手术：对于完成了生育或病灶广泛，无法保留生育功能的年轻妇女，宜采用剥除卵巢内膜异位囊肿加全子宫切除术，以保留正常卵巢组织，维持卵巢内分泌功能。术后加用丹那唑或内美道等药物治疗3—6个月。

　　(3)双侧附件和全子宫切除：近绝经期妇女或病变严重使双侧卵巢无法保留，保守性手术失败且药物治疗无显著效果，可选择此方法。年轻妇女术后应尽早采用雌激素替代治疗。